Malaysia là một thành viên sáng lập của Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á (ASEAN)[48] Tổ chức Hợp tác Hồi giáo (OIC),[49] và cũng tham gia vào nhiều tổ chức quốc tế như Liên Hiệp Quốc,[50] Diễn đàn Hợp tác Kinh tế châu Á - Thái Bình Dương,[51] và Phong trào không liên kết (NAM).[52] Malaysia từng giữ chức chủ tịch ASEAN, OIC, và NAM.[15] Do là một cựu thuộc địa của Anh Quốc, Malaysia cũng là một thành viên của Thịnh vượng chung các quốc gia.[53] Kuala Lumpur là địa điểm diễn ra Hội nghị thượng đỉnh Đông Á vào năm 2005.[54]

Chính sách ngoại giao của Malaysia về chính thức là dựa trên nguyên tắc trung lập và duy trì các quan hệ hòa bình với tất cả các quốc gia, bất kể hệ thống chính trị của quốc gia đó.[55] Chính phủ đặt ưu tiên cao đối với an ninh và ổn định của Đông Nam Á,[54] và cố gắng phát triển hơn nữa mối quan hệ với các quốc gia khác trong khu vực. Về phương diện lịch sử, chính phủ cố gắng khắc họa Malaysia là một quốc gia Hồi giáo tiến bộ[55] trong khi tăng cường quan hệ với các quốc gia Hồi giáo khác.[54] Trong chính sách của Malaysia, có một nguyên lý kiên định là chủ quyền quốc gia và quyền của một quốc gia trong việc kiểm soát các công việc nội bộ.[37]

Chính phủ Malaysia theo chủ nghĩa thực dụng trong chính sách đối với các tranh chấp lãnh thổ, giải quyết các tranh chấp theo một số phương pháp, chẳng hạn như đưa vụ việc ra Tòa án Công lý Quốc tế.[56] Nhiều quốc gia trong khu vực tranh chấp chủ quyền đối với quần đảo Trường Sa. Brunei và Malaysia vào năm 2008 tuyên bố kết thúc tuyên bố chủ quyền đối với các vùng đất của nhau, và giải quyết các vấn đề liên quan đến biên giới trên biển. Philippines có tuyên bố chủ quyền không thi hành đối với Sabah. Hoạt động cải tạo đất của Singapore gây ra căng thẳng giữa hai bên, và Malaysia cũng có tranh chấp biên giới trên biển với Indonesia.[57]

Malaysia chưa từng công nhận Israel và không có quan hệ ngoại giao với quốc gia này.[58] Malaysia ủng hộ mạnh mẽ Nhà nước Palestine.[59] Lực lượng gìn giữ hòa bình của Malaysia hiện diện tại Liban[60] và Malaysia đóng góp vào nhiều sứ mệnh gìn giữ hòa bình khác của Liên Hiệp Quốc.[15][61]

Lực lượng Vũ trang Malaysia gồm ba nhánh là Hải quân Hoàng gia Malaysia, Lục quân Malaysia, và Không quân Hoàng gia Malaysia. Malaysia không thi hành chế độ nghĩa vụ quân sự, độ tuổi cần thiết để thực hiện quân sự tự nguyện là 18. Quân đội sử dụng 1,9% GDP của quốc gia, và sử dụng 1,23% nhân lực của Malaysia.[62]

Thỏa thuận phòng thủ năm nước là một sáng kiến an ninh khu vực tồn tại trong gần 40 năm, liên quan đến các cuộc luyện tập quân sự chung được tổ chức giữa Malaysia, Singapore, Australia, New Zealand, và Anh Quốc.[63] Các cuộc tuyện tập quân sự và tập trận chung được tổ chức với Indonesia trong nhiều năm.[64] Malaysia và Philippines chấp thuận tổ chức luyện tập an ninh chung nhằm đảm bảo biên giới hàng hải và giải quyết các vấn đề như nhập cư bất hợp pháp.[65]